在最新的科研成果中,哥伦比亚大学和杜克大学的研究人员发现,大型语言模型GPT-4能够在单细胞RNA测序分析中有效进行细胞类型注释,极大地减少了传统方法中的人工工作量。这项研究发表在《Nature Methods》上,展示了GPT-4在生物医学领域的潜力。GPT-4通过使用标记基因信息,可以准确地识别细胞类型,与手动注释的一致性很高。研究人员为此开发了R软件包GPTCelltype,以支持自动化注释过程。
GPT-4在多个数据集和多种组织类型的测试中表现出色,尤其是在免疫细胞如粒细胞的识别上。然而,它在某些复杂情况下,如B淋巴瘤的识别上可能存在不足,可能需要结合其他方法。此外,GPT-4在小细胞群中的性能略降,可能是因为信息有限。尽管如此,GPT-4在主要细胞类型和一些亚型的注释上仍能达到高一致性。研究人员指出,虽然GPT-4表现出色,但其注释的验证和人类专家的介入仍然重要,以保证质量和可靠性。
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